長崎大學是位于長崎縣長崎市的日本國立大學、舊六所醫(yī)科官立大學之一。1949年由長崎醫(yī)科大學、長崎醫(yī)科大學附屬藥學專門部、長崎經(jīng)濟專門學校(二戰(zhàn)前為長崎高等商業(yè)學校)、長崎師范學校、長崎青年師范學校、長崎高等學校合并而成。日本歷史最悠久的公立醫(yī)學校，醫(yī)學部前身長崎醫(yī)科大學在1945年8月9日受到原子彈轟炸。

　　長崎大學前身始于1857年荷蘭海軍軍醫(yī)PompevonMeerdervoort開辦的醫(yī)學傳習所。1901年設立長崎醫(yī)學專門學校，1923年成為長崎醫(yī)科大學的同時，縣立長崎醫(yī)院被國家托付給長崎醫(yī)科大學而成為了它的附屬醫(yī)院。另外，與醫(yī)科大學同時設立的還有附屬醫(yī)學專門部以及附屬藥學專門部，此外，還開設了附屬醫(yī)院婦產(chǎn)護士培訓所。

　　1874年，明治政府設立小學教則講習所，開始了師范教育。此后，1878年演變?yōu)殚L崎縣師范學校，到1943年成為長崎師范學校。1905年設立的長崎高等商業(yè)學校到1944年成為長崎經(jīng)濟專門學校。藥學部始于1890年設立的第五高等中學醫(yī)學部藥學科，1923年成為長崎醫(yī)科大學的附屬藥學專門部。水產(chǎn)學部則始于1921年在長崎師范學校里設立的長崎縣實業(yè)補習學校教員培訓所，到1944年成為長崎青年師范學校。

　　1949年5月31日，根據(jù)國立學校設置法，包括舊制的長崎醫(yī)科大學、長崎醫(yī)科大學附屬藥學專門部、長崎經(jīng)濟專門學校、長崎師范學校、長崎青年師范學校、長崎高等學校在內(nèi)，成立了新制大學，包括學藝學部(現(xiàn)教育學部)、經(jīng)濟學部、醫(yī)學部、藥學部、水產(chǎn)學部5個學部，以及附屬圖書館、風土病研究所（現(xiàn)熱帶醫(yī)學研究所），學藝學部附屬小學、中學、幼兒園和附屬于醫(yī)學部的醫(yī)院和護士培訓設施。此后，分別于1966年開設工學部，1979年開設齒學部，1997年開設環(huán)境科學部。

　　研究生院則分別于1955年開設醫(yī)學研究科，1965年開設藥學研究科，1970年開設水產(chǎn)科學研究科（現(xiàn)生產(chǎn)科學研究科博士前期課程），1976年開設工學研究科（現(xiàn)生產(chǎn)科學研究科博士前期課程），1986年開設齒學研究科。1988年以工學部和水產(chǎn)學部為母體開設海洋生產(chǎn)科學研究科（現(xiàn)生產(chǎn)科學研究科博士后期課程）。1994年開設教育學研究科，1995年開設經(jīng)濟學研究科，2002年開設環(huán)境科學研究科（現(xiàn)生產(chǎn)科學研究科博士前期課程）。另外，在2002年醫(yī)學研究科、齒學研究科、藥學研究科合并后設立了醫(yī)齒藥學綜合研究科。